Les Chouans, publié en 1829 sous le titre Le Dernier Chouan, est le premier roman que Balzac signa de son nom et le premier qu'il jugea digne d'entrer dans La Comédie humaine. L'action se déroule en Bretagne en 1799, dans les dernières semaines de la guerre de Vendée : la résistance royaliste paysanne contre la République. Marie de Verneuil, agent républicain d'une ambiguïté soigneusement entretenue, est chargée de faire capturer le chef chouan Montauran, le Gars. Elle tombe amoureuse de lui. L'intrigue mêle roman historique à la Walter Scott, roman sentimental et analyse politique d'une période que Balzac, né en 1799, n'a pas vécue mais qu'il a abondamment documentée.
Ce qui distingue Les Chouans du roman historique de convention, c'est le refus de Balzac de distribuer les rôles moraux selon les camps politiques. Les républicains ne sont pas des représentants de la Raison et du Progrès : ce sont des soldats qui tuent des paysans. Les chouans ne sont pas des rebelles romantiques : ce sont des hommes qui se battent pour une cause que Balzac juge historiquement condamnée mais à laquelle il reconnaît une légitimité de sentiment. Marie de Verneuil agit simultanément par mission, par sentiment et par un désir de pureté qui la détruit.
Les Chouans offre un accès à la réflexion de Balzac sur la Révolution française complémentaire de ses romans parisiens : au lieu d'analyser ce que la Révolution a produit, il examine ce qu'elle a détruit. Le roman est aussi le point de départ pour comprendre comment Balzac construit son réalisme documentaire, fait de détails précis sur les usages locaux, les costumes, les routes et les dialectes, qui donnent à la fiction une texture d'archive.
Le roman se distingue dans l'œuvre de Balzac par la présence de la nature comme acteur de la fiction : les landes bretonnes, les chemins creux, les forêts sont des espaces dans lesquels les chouans sont à l'aise et les soldats républicains perdus. Cette géographie stratégique est historiquement précise — la guerre de Vendée a effectivement utilisé le territoire comme arme — et elle donne au roman une dimension tactique qui le distingue du roman historique à décors.