Le Discours de la méthode, publié à Leyde en 1637 — sans nom d'auteur, par prudence — est l'un des textes fondateurs de la philosophie moderne et l'une des premières œuvres philosophiques majeures rédigées en français plutôt qu'en latin. Descartes le présente comme une préface à trois essais scientifiques, mais c'est le Discours lui-même qui a survécu comme texte autonome. Structuré en six parties, il retrace l'autobiographie intellectuelle de Descartes : sa déception envers les savoirs reçus, son projet de refondation de la connaissance sur des bases certaines, et sa méthode pour y parvenir — douter de tout ce qui peut être mis en doute jusqu'à atteindre une vérité inébranlable.
Le cogito — « Je pense, donc je suis » — n'est pas une inférence logique ordinaire mais une expérience de résistance : même en supposant qu'un malin génie trompe le sujet sur tout le reste, l'acte de douter lui-même prouve l'existence de celui qui doute. À partir de ce point fixe, Descartes reconstruit l'existence de Dieu et la distinction entre âme et corps. Cette architecture métaphysique a été abondamment critiquée par Hume, Kant et les phénoménologues du XXe siècle, mais ce qui a survécu, c'est la posture : l'idée que la connaissance légitime doit être reconstruite depuis un sujet réflexif plutôt qu'héritée d'une tradition.
Le Discours de la méthode a le mérite rare d'être lisible sans intermédiaire : Descartes a voulu écrire pour ceux qui ne se servent que de leur raison naturelle, et son style est délibérément clair, presque conversationnel. Ce qui rend le texte précieux pour un lecteur contemporain, c'est moins les réponses que Descartes apporte que la clarté avec laquelle il formule les questions : d'où vient la certitude ? Qu'est-ce qui distingue l'opinion du savoir ? Ces questions, posées systématiquement dans ce traité de 1637, sont restées au centre de l'épistémologie jusqu'à aujourd'hui.